Anknüpfend an das Ende der zweiten Staffel setzt das „Sanctuary“-Team im ersten Teil der dritten Staffel immer noch alles daran, Kali in Form der zerstörerischen Spinnenkreatur „Big Bertha“ zu bezwingen. Doch bei dem Versuch sie zu stoppen, bringt sich Will selbst in Lebensgefahr. Aber damit nicht genug: Dr. Magnus und ihre Kollegen bekommen es mit einem weiteren Gegenspieler zu tun. Ein alter Studienbekannter namens Adam Worth schmiedet Rachepläne gegen Dr. Magnus und lockt sie in eine Falle. Dabei wird Helen – aber auch Adam selbst – tödlich vergiftet. Um sie zu retten, machen sich die anderen auf die Suche nach dem Heilmittel, welches sich in der geheimnisvollen unterirdischen Stadt „Hohlerde“ befindet. Ein Wettlauf mit der Zeit beginnt...